SMP Negeri 12 Malang berdiri pada tahun 1982 / 1983 dengan nama SMP Janti Malang. Dengan surat keputusan kantor wilayah Departemen Pendidikan dan Kebudayaan Propinsi Jawa Timur No. 20/104.2/E582/SK ditetapkan di Surabaya pada tanggal 11 Desember 1982. SMP Negeri 12 Malang atau sebelumnya bernama SMP Negeri Janti Malang melalui proses belajar secara efektif pada tahun ajaran 1982 / 1983 dan menempati di gedung SD Sukun Malang dimana hanya menempati 3 (tiga ) ruang kelas dan proses belajar mengajar dimulai pada siang hari.
Sambil menunggu surat Keputusan Kepala Sekolah definitif yang baru beserta tenaga edukatif. SMP Negeri Janti / 12 Malang dikelola oleh SMP Negeri 6 Malang selaku sekolah induk. Adapun yang ditugasi oleh Kepala Sekolah SMP Negeri Janti / 12 Malang adalah Bapak Soetrisno yang juga menjabat sebagai wakil Kepala Sekolah SMP Negeri 6 Malang yang pertama kali.
Gedung baru SMP Negeri Janti / 12 Malang yang berlokasi di Jl. S. Supriyadi 49 Malang mulai ditempati dan dibuka secara resmi pada tanggal 17 September 1983 oleh Wakil Kota Madya Malang Bapak Rrs. Tom Uripan Nitihardjo, SH dan nama sekolah juga di perbaharui berdasarkan SK. Mendikbud No. 05007/01/1989 menjadi SMP Negeri 12 Malang sampai sekarang.
Sejak awal berdirinya SMP JANTI yang kemudian berganti nama dengan SMP NEGERI 12 MALANG, telah mengalami 12 (dua belas) kali pergantian Kepala Sekolah, yaitu :
- MASTIYAM CHAIDIR, AS
Menjabat dari tahun 1982 sampai dengan 1988 (6 Tahun);
2. SOEWITO
Menjabat dari tahun 1988 sampai dengan 1990 (2 Tahun)
3. Dra. RUSMININGSIH
Menjabat dari tahun 1990 sampai dengan 1994 (4 Tahun);
4. Drs. SOEWANDOJO
Menjabat dari tahun 1994 sampai dengan 1995 (1 Tahun);
5. Drs. EKO ADI
Menjabat dari tahun 1995 sampai dengan 1997 (2 Tahun);
6. DAYAT, BA
Menjabat dari tahun 1997 sampai dengan 1998 (1 Tahun);
7. Drs. DARTO
Menjabat dari tahun 1998 sampai dengan 2002 (4 Tahun);
8. Dra.Hj. KAWIT MUHARLIN
Menjabat dari tahun 2002 sampai dengan 2006 (4 Tahun);
9. H. TOTOK EDY SUPRIHANTO, M.KP
Menjabat dari tahun 2006 sampai dengan 2010
10. Drs. FX. EDY SUGIHARTO
Menjabat dari tahun 2010 sampai dengan 2012 (2 Tahun);
- Dra. Hj. ANIEK SURYATININGSIH, M,M.Pd
Menjabat dari tahun 2012 sampai dengan 2016 (4 Tahun);
12. Drs. SYAMSUL ARIFIN, M.Ed
Menjabat dari tahun 2016 sampai dengan 2019 ( 3 Tahun )
13. Dra. KHUSNUL HAMIDAH
Menjabat 2019 sampai dengan 2020 ( 1 Tahun )
14. M. SHODIQ, M.Pd
Menjabat 2021 sampai dengan sekarang
Pergantian Kepala Sekolah yang dilakukan oleh Dinas Penddidikan Kota Malang telah mampu memberikan perubahan yang signifikan bagi perkembangan dan kemajuan SMP NEGERI 12 MALANG, sebagaimana yang telah dirasakan oleh warga sekolah, khususnya siswa, guru, dalam hal pembelajaran, dan Pegawai dalam hal Administrasi Sekolah serta pengembangan sosial-ekonomi yang dirasakan oleh masyarakat sekitar.